Docente da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa e investigador no Centro de História da mesma Universidade, é considerado o principal especialista luso em História do Brasil.
No seu livro mais conhecido, A construção do Brasil (Lisboa, 1995), defende a tese da descoberta do Brasil em 1498, por Duarte Pacheco Pereira, com base no estudo do manuscrito Esmeraldo de situ orbis, produzido pelo próprio Duarte Pacheco entre 1505 e 1508 e que ficou desaparecido por quase quatro séculos.
Para sustentar a sua tese, Jorge Couto cruzou dados sobre as relações políticas entre Portugal e a Espanha à época, debruçou-se sobre interpretações minuciosas do "Esmeraldo" e de exemplares da cartografia da época, estudou os métodos usados no final do século XV para calcular a longitude e recorreu a relatos históricos sobre as antigas populações indígenas da Amazônia e aos resultados das recentes pesquisas feitas pela arqueóloga estadunidense Anna Curtenius Roosevelt em Santarém e na ilha do Marajó, no estado brasileiro do Pará.
É autor de numerosos livros, artigos, introduções e prefácios publicados em Portugal, Brasil, Espanha, França, Estados Unidos da América do Norte, China e Japão. Alguns dos seus livros e artigos foram traduzidos para inglês, espanhol, francês e japonês.
Por ocasião do Bicentenário da Transferência da Corte Portuguesa para o Brasil (2008) publicou diversos artigos em catálogos de exposições e obras colectivas editados em Lisboa, São Paulo, Rio de Janeiro e Salvador da Bahia.
Foi presidente do Instituto Camões (1998-2002) e exerce, desde Novembro de 2005, as funções de director da Biblioteca Nacional de Portugal.
Foi agraciado com condecorações de diversos países (Brasil, França, Roménia, Marrocos e Togo), avultando as brasileiras (Grã-Cruz da Ordem do Rio Branco, comendador da Ordem do Cruzeiro do Sul e oficial da Ordem de Mérito Naval).
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